Mặc dù được đánh giá tích cực về mặt công nghệ, song các nhà máy nhiệt điện than vẫn tiềm ẩn khả năng gây tổn hại tới môi trường nếu không chấp hành nghiêm quy trình vận hành, quy trình đánh giá tác động môi trường... Đó cũng là lý do để ngành Công Thương đưa các nhà máy nhiệt điện than vào diện giám sát chặt chẽ theo Chỉ thị 11/CT-BCT vừa được ban hành.